【佳學基因檢測】二代測序（NGS）技術應用于臨床腫瘤精準醫學診斷的共識

【佳學基因檢測】二代測序（NGS）技術應用于臨床腫瘤精準醫學診斷的共識

第一版（試行）2016.04.23
 

腫瘤基因檢測導讀：

佳學基因是一個充分挖掘基因信息在各個領域的價值的專業機構。對于腫瘤與癌癥來說，基因解碼充分利用基因信息指導腫瘤遺傳性分析與明確、腫瘤與癌癥尤其是肺癌的早期診斷與治療?；虻慕獯a信息還被應用于腫瘤靶向藥物、個性化藥物的開發與臨床應用。準確的利用基因信息首先需要全面、準確的獲得基因序列。而二代測序是獲取肝癌、腸癌、乳腺癌患者腫瘤治療信息的第一步，通過基因解碼而不是基因檢測是建立基因序列與腫瘤癌變、轉移和治療關系的另一個至關重要的環節。

 

中國腫瘤驅動基因分析聯盟（CAGC）
中國臨床腫瘤學會（CSCO）

共識摘要：

本專家組代表中國臨床腫瘤學會（CSCO）及中國腫瘤驅動基因分析聯盟（CAGC）提供二代測序（NGS）技術應用于臨床腫瘤驅動基因分析的相關指導性建議。專家組由實驗室癌癥遺傳學家、臨床腫瘤學家、生物信息學專家、病理學家和其他人員組成。建議內容在多次討論修改后定為初步共識，主要包括NGS技術應用需求及相關臨床樣本收集處理、NGS檢測內容、測序流程、數據分析、結果報告、技術質量認證和驗證等方面的基本要求與規范。

背景：

當今的腫瘤診治已經進入個體化及精準醫學時代，需要充分分析腫瘤從發生到轉歸的整個疾病進程中的驅動基因及其變異，從而選擇有效的靶向治療方案。為此，中國臨床腫瘤學會于2015年9月17日在廈門市召集了我國具有代表性的腫瘤學專家、病理及分子生物學專家及NGS技術專家，成立了“中國腫瘤驅動基因分析聯盟”（China Actionable Genome Consortium，CAGC）并啟動了精準腫瘤學研究項目（Precision Oncology Initiative，即CAGC POI），確立了整體項目的組織框架和內容框架。CAGC-POI計劃第一階段擬在初步建立二代測序技術（next generation sequencing, NGS）臨床應用共識的基礎上，在肺癌、乳腺癌、肝癌、胃癌、結直腸癌等惡性實體瘤開展以NGS技術為主的驅動基因譜分析。2015年9月27日經CSCO理事長吳一龍教授與中華醫學會會長陳竺院士和陳賽娟院士討論后決定，將造血系統腫瘤作為第6個瘤種納入CAGC POI計劃，主要是針對白血病等開展較之以前更為廣泛的基因變異譜分析。在上述共識建立、主要6個瘤種的變異譜分析驗證、優化流程的基礎上，將在攜帶有臨床“可靶向作用”驅動基因的患者中，開展相應的靶向精準診治的實踐與試驗研究。最終提出適合我國臨床腫瘤學實踐的NGS檢測技術、分析內容、診治模式的共識、標準和規范，克服NGS實驗室與臨床應用之間的障礙，提高為腫瘤患者服務的質量和能力。

本階段共識建立是CAGC POI項目的第一階段，將由專家組提出NGS技術在臨床腫瘤學應用的共識內容。在廣泛收集相關的建議和意見的基礎上，修訂為指導下一階段技術檢測的共識性文件，供腫瘤學相關臨床和檢測人員等參考。

技術引言：

當今的二代測序技術（NGS）是高通量的大規模平行測序技術，可同步獲得腫瘤患者個體特定樣本中數十億以上的DNA堿基序列信息。NGS有明顯的通量優勢及發現未知基因變異的優勢，但是在使用中也存在包括檢測技術、數據管理、分析與報告、解讀與臨床咨詢等方面的各種挑戰。既往的文獻及國際相關共識已經總結和報道了NGS在單基因遺傳病、產前診斷等方面的應用。而在臨床腫瘤學的實踐中，基因檢測已經成為精準診治的前提和核心內容之一，但缺乏統一的共識。腫瘤基因檢測范圍越來越廣，已經由單基因的分析，逐步走向數個至數百個基因的多重分析。在未來，腫瘤臨床實踐中甚至可能需要針對外顯子組、轉錄組、全基因組、表觀遺傳組的信息分析和應用。另一方面，由于生物技術也在不斷進步，因此可以預見的是，在未來的一段時間，高通量技術NGS在臨床診斷和精準治療中的應用將會在檢測技術、分析內容、解讀等方面會一直產生變化，也會帶來在實踐應用中的各種挑戰。

在現階段，我國社會的腫瘤患者數目龐大，驅動基因診斷和檢測應用需求巨大。但在實際應用中會因為檢測技術的準入門檻低、缺乏臨床公認的NGS指導規范，腫瘤診治中可能存在檢測質量低下、結果準確性差，檢測結果解讀不專業，甚至盲目追求基因檢測結果的現象。因此，我國腫瘤學界亟需對當前NGS在臨床合理規范的使用進行充分討論，形成共識予以發布，以指導我國臨床腫瘤診療中的規范應用。

本技術共識闡述了NGS技術質量需求、臨床腫瘤相關NGS檢測內容、樣本處理、測序流程、數據管理、信息學分析、結果報告解釋和咨詢等多個方面的內容。本共識也對患者知情同意、測試項目的質控、研究與診斷的應用差別等內容進行了說明。
 

1. NGS在臨床腫瘤診斷中的質量需求：

NGS技術正處于不斷的發展和完善過程中，需要對NGS技術現狀有正確的認識。但過去十年腫瘤學界的研究和應用顯示：在恰當的技術條件下，NGS確實能夠高通量地檢測分析腫瘤中的驅動基因，給部分患者帶來治療和生存的獲益。

在臨床實踐中各實驗室可能有不同的NGS技術平臺。無論使用何種平臺，各實驗室均應該按照本共識中的推薦（聲明）開展NGS項目測試，對平臺及相關分析工具進行驗證后才應用于臨床。

針對腫瘤的多基因檢測，需要設計特定的NGS測試項目（test）。這些項目的檢測結果應能夠明確回答臨床診療所需的基因狀態。需要明確指出的是，應該避免分析技術能力尚未得到充分驗證的NGS項目在臨床應用。

聲明1：臨床腫瘤診斷應用的NGS項目應符合相應的診斷技術標準。未進行充分驗證的NGS技術不應該在臨床實踐的驅動基因診斷中應用。相關實驗室應該明確能夠提供的檢測項目的內容范圍和相關技術參數。

（注：文中的“聲明”（statement）是專家組討論的各個要點，也即專家組形成的共識或推薦）

NGS用于臨床腫瘤分子診斷能夠帶來明確的益處（utility）。NGS技術優勢：一次性、特定時間（約10個工作日）產生覆蓋基因組特定區域（從數個基因到數百個基因以至外顯子組、轉錄組或全基因組）的通量數據，同步獲得多基因、多位點、多種變異形式的分子檢測結果。盡管目前NGS的多基因多重分析總成本較高，但相對于傳統檢測方法而言，單個基因單個位點的檢測費用已大大下降。

影響NGS結果的限制性因素包括：平臺類別、靶區域富集方法、文庫構建及擴增效率、測序數據量、生物信息學分析流程等。在臨床應用之前，對于特定突變位點的NGS檢測結果在低質量數據條件下應采用其他方法進行結果驗證。檢測實驗室的專家、腫瘤患者的主診醫生與患者應該就開展腫瘤NGS分析的利弊進行充分溝通和知情同意，同時讓臨床醫生了解特定NGS測試項目的醫學意義。

聲明2：NGS檢測項目（Test）的目的和臨床益處（utility）應該明確，如果是用于臨床靶點抑制劑（靶向藥物）的使用決策參考，檢測結果應該能夠明確一些在臨床可采取特定藥物靶向治療的靶點變異信息。NGS測試項目如果是用于分子分型、療效預測或預后判斷則需要在發現集（discovery set）的基礎上建立分析模型，再通過技術和驗證集（validation set）的驗證方可進一步轉化應用于臨床。

2. NGS在臨床腫瘤應用的檢測內容：

在臨床實踐中，不同的瘤種既可存在瘤種特異性的驅動基因變異，也可能存在共同的基因變異。一個瘤種存在眾多的分子變異亞型，從而提出“同病異治”或“分型而治”的策略；不同瘤種之間由于存在共同的驅動基因分型，則可以采取“異病同治”的策略。由此可見，臨床腫瘤的基于基因或基因組學的分子分型將逐步超越傳統的病理組織形態學分型，成為臨床診治腫瘤的關鍵環節。

腫瘤的多基因分型對藥物研發策略也產生了重大影響。在藥物臨床試驗設計方面，近年來出現了兩種基于分子靶點的試驗研究設計類型。一種是“雨傘”設計類型（Umbrella trial design），即針對單個瘤種的基于多個驅動基因分型及其靶向治療，另一種則是“籃子”設計類型（Basket trial design），是針對多個瘤種的驅動基因的“同型同治”。

無論是臨床實踐還是臨床試驗，用于基因分型的NGS檢測項目內容需要精細的設計和技術可靠性的驗證。NGS項目的檢測內容應明確檢測哪些基因、相應基因的受檢區域、靶點的變異信息等。

聲明3：如果NGS用于臨床分子診斷，應該明確至少哪些基因需要納入檢測名單（panel list）中。這個必須的“核心基因清單”（core gene list）需要特定腫瘤亞?？葡嚓P的臨床和實驗室多學科專家共同討論后制定。

“核心基因清單”論證及制定過程中應以“患者的利益”為中心，充分整合臨床腫瘤學家對于精準診治的觀點，并充分考慮在我國推廣應用的可操作性。以肺癌為例: 目前NCCN及國內肺癌臨床指南或衛計委診療規范都明確指出EGFR突變、KRAS突變、ALK重排（融合）、ROS1重排（融合）、MET 14號外顯子可變剪切變異、MET拷貝數擴增、RET重排（融合）、HER2突變或擴增、BRAF突變等驅動基因變異是臨床實踐中的重要必須基因。

從CAGC POI項目的惡性腫瘤的整體角度考慮，檢測內容（gene panel及其基因組區域）應該既包括各瘤種特異性的panel，也應備有一個大而全的gene panel。因實體瘤和血液腫瘤的變異譜方面的差異較大，因此，在大而全的panel中對實體瘤和血液腫瘤應該分別設計。

“可靶向作用”的原理及定義：驅動基因的定義是參與腫瘤發生發展、轉移、耐藥等疾病進程中關鍵步驟的基因。“可靶向作用”基因則是指針對該驅動基因的變異靶點或其上下游關鍵分子，能夠采用靶向藥物等手段進行治療，從而達到抑制腫瘤進展或消退腫瘤的治療效果?？砂邢蜃饔没蛞部芍冈摶虻淖儺惪梢杂脕碜鳛槊鞔_的分子亞型診斷或預后判斷。

聲明4：“可靶向作用基因”的變異可能會影響臨床決策，醫生需要根據基因分型的檢測結果來指導臨床診療方案。“可靶向作用基因”的變異可分為兩大類，第一類（Level 1 actionable alterations）包括國際、國內指南（CSCO、ASCO、NCCN、ESMO等）中明確指定的、藥物標簽中說明的、與FDA/CFDA批準的適應癥相關的臨床分型基因變異，或是具有明確的分子診斷或預后判斷價值的基因變異。第二類（Level 2 actionable alterations）包括正在開展的任何期別（I-III期）臨床試驗中的藥物相關靶點、在已經或即將開展的臨床試驗中作為入組條件的變異靶點、在國內外指南中其他腫瘤或疾病適應癥的藥物靶點、用于輔助診斷或預后判斷的靶點等。在NGS檢測中，對于臨床意義非常明確的體細胞突變的少數基因集分析，可以直接檢測腫瘤標本而無須設置白細胞等對照樣本。但對于需要包含上述第二類可靶向作用基因的更大的基因集分析，尤其是數百基因乃至全外顯子組測序等，建議在腫瘤樣本進行NGS檢測時設置患者自身白細胞樣本對照分析。

聲明5：隨著腫瘤發生發展機制研究的不斷深入，新的靶點及藥物會得到不斷的發現和研發。因此有必要定期或不定期依據重要的臨床研究進展對檢測內容進行討論并發布更新。

聲明6：檢測基因數量越多，診斷信息會越多。但由于腫瘤信號通路的冗余性和復雜性，在基因清單中，除了“核心基因”之外，應該對其他增加的每個基因進行明確定義注釋，說明其基因型與潛在可靶向作用位點或通路的關系。在實際的NGS測試項目應用中，檢測基因數量的增加不應以核心基因的檢測質量受損為代價。

技術參數驗證對保證檢測結果的準確性很重要。所有NGS計量參數都應該明確說明。在檢測中應該記錄批次或分析樣本特異性的特征。檢測實驗室應該利用結構化的數據庫來保證平臺、各分析項目、樣本處理等方面的質量分析。在檢測分析流程中，每個樣本都應該做好唯一性標識。在平臺穩定性驗證中，應該使得所有儀器和試劑都符合標準要求，提供特定驅動基因的準確性和精確性。
技術驗證過程中應該記錄在案的相關內容或參數包括以下幾方面。1．樣本相關的患者信息保護原則、唯一性標識、接收、存儲、處理各步驟內容及時間；2. 實驗操作過程中DNA/RNA處理每一步驟所用試劑名稱、生產廠家、批號，記錄每一步操作后的質量指標（如RIN等）；3．數據分析及數據庫管理相關的軟件（包括版本號，分析時所用各項參數）、數據的相關參數（數據量大小，QC等）、數據庫的安全性和備份情況等。

聲明7: NGS項目的檢測流程和生物信息學分析需要針對特定平臺和分析項目進行充分優化。流程驗證中應提供分析敏感性和特異性的參數。因為分析方法的差異，針對SNV、INDEL、重排（融合）、CNV等不同的變異應該分別測試技術的敏感度和特異度。受樣本取材或探針設計等因素影響或限制，NGS在某些變異類型如拷貝數擴增的檢測方面有時存在一定的局限性。對于NGS方法準確性可能有影響的情況，應考慮采用可靠的單基因方法對檢出變異進行驗證。
 

3. NGS應用中的樣本處理：

NGS檢測需文庫構建，該步驟原始材料為DNA或來自RNA的cDNA。適合臨床NGS分析的樣本類型優先選擇新鮮組織標本，也可選用甲醛固定石蠟包埋（formalin-fixed paraffin-embedded，FFPE）樣本、腫瘤細胞學標本及血漿（游離DNA/RNA）等。

NGS可用于疾病初診時的分子靶點分析，也可用于治療中疾病進展狀態的監測及耐藥分子機制的診斷。因而在疾病的全程管理中可合理地考慮在診療的關鍵時間節點收集臨床標本進行NGS分析。決定是否采用NGS在多個時間節點的檢測分析應做好多學科討論和充分的知情同意。

各類樣本采集：（1）對于手術和活檢的新鮮組織：理想的保存方法是迅速置于液氮中，可保存于液氮罐或-80℃冰箱，該過程應在手術離體后30分鐘內完成，以防止RNA等核酸降解；或采用保存在樣本保護劑中，盡早轉移到-80℃冰箱保存?？刹捎美鋬銮衅旧u估樣本中的腫瘤細胞含量。（2）甲醛固定石蠟包埋組織（formalin-fixed paraffin-embedded，FFPE）：按病理操作規范進行取材。手術或活檢離體的組織應在30分鐘內浸入10%中性福爾馬林溶液中進行固定，避免使用酸性及含有重金屬離子的固定液。大標本應切開后充分固定至6-48小時，不超過72小時。小活檢標本可固定6-12小時。開展NGS檢測前應進行HE染色評估腫瘤細胞的含量。（3）細胞學樣本：胸腹水中的腫瘤細胞用于基因檢測時，必須確認是否有腫瘤細胞存在。細胞病理檢查之后，符合質量要求的標本可直接抽提核酸，也可以制備成FFPE細胞學蠟塊進行后續分析。（4）血漿或血液樣本：循環游離/腫瘤DNA(circulating free/tumor DNA，cf/ctDNA)是存在于血漿中的游離DNA，腫瘤來源的DNA占血漿游離DNA的比例在不同腫瘤及病例中相差懸殊。采集外周血提取血漿游離DNA進行檢測，取樣時應使用一次性的EDTA抗凝真空采血管，采集8~10ml全血，冷藏運輸，2小時內分離血漿，提取游離DNA，保存到-80℃冰箱中，并避免反復凍融。如外周血需要長時間運輸，建議用商品化的游離DNA樣本專用保存管，在常溫條件下，cfDNA在全血中可穩定保存3－7天。由于血細胞基因組DNA（gDNA）的潛在大量釋放會極大地稀釋血漿游離腫瘤DNA的濃度，經肉眼觀察確認為溶血的樣本不適用于對游離腫瘤DNA的NGS檢測。當懷疑血漿游離DNA受到血細胞基因組DNA污染時，可考慮采用核酸片段大小分布分析來判斷污染是否存在，而從判斷樣本是否適用于NGS檢測。

采樣質量的評價對后續結果的解讀有重要意義，臨床樣本的采樣過程、分析前的運輸和處理流程以及病理的評估結果等均應做相應的記錄。質量評價的內容應包括腫瘤細胞含量比例、腫瘤細胞的數量，是否按照要求進行處理與運輸等。評價方法包括肉眼觀察、顯微鏡下觀察和血漿樣本核酸濃度分析等。對于腫瘤細胞分布集中的區域應進行標注，必要時進行顯微切割后再提取核酸。
樣本采集和處理中的防污染：樣本采集最好采用一次性材料；制備不同患者病理切片樣本時，需更換新刀片，并清除操作器皿或切片機上先前樣本的殘留。

樣本運送和保存：實驗室應建立詳細的樣本運送標準操作規程（SOP），對臨床醫生提供樣本采集手冊，要求物流人員填寫相關運送記錄表，確保運送過程中各類樣本的安全性和過程的可控性。石蠟材料可常溫運輸，血漿樣本干冰條件下運輸，核酸樣本需要在4攝氏度或冷凍條件下運輸。

聲明8：為了提高NGS檢測腫瘤驅動基因的準確性，應該提供高質量的臨床生物材料樣本。不同類型生物材料的收集及處理均應有明確的標準操作流程（SOP）指導。

聲明9：樣本登記過程中每個標本應該在NGS分析中有唯一性標識。包括來自同一患者的不同組織病灶、不同組織切片、不同核酸樣本等均有唯一性的標識。

聲明10：樣本評估和用量：除了血漿或血液來源的DNA/RNA，凡是涉及形態學的標本，應該在顯微鏡下評估腫瘤細胞的含量，充分記錄各類形態學惡性細胞的含量比例。評估記錄還應包括標本收集和處理方法。腫瘤細胞比例低的標本必要時應采用包括顯微微切割在內的有效富集腫瘤細胞的方法，提高腫瘤細胞比例。一般情況下，適合于NGS檢測的組織標本中腫瘤細胞含量建議應達到20%以上。如果腫瘤細胞占比較低，患者知情后依然愿意進行NGS檢測，應該盡量采用顯微切割技術富集腫瘤細胞，或增加NGS測序 數據量以提高測序覆蓋深度（depth），并在報告中提示樣本局限性。組織樣本抽提獲得的DNA量應達50ng以上用于NGS檢測。血液樣本建議采血至少8ml，分離血漿游離DNA用于NGS檢測。

聲明11：核酸樣本抽提及QC/QA。組織DNA與血漿游離DNA等核酸樣本均應進行檢測前的質量控制分析，包括核酸的濃度和純度分析。組織DNA樣本應該進行核酸完整性分析，以判斷DNA質量。血漿游離DNA樣本應該進行片段長度分布分析，以判斷是否存在血細胞基因組DNA的污染。在文庫構建后應該對核酸樣本進行濃度測定與文庫片段分布等質量控制。

聲明12：為了便于后續采用其他技術方法對檢測結果進行驗證，在樣本留取時，應適當考慮增加生物材料的留取量。在石蠟標本的切片過程中可考慮適當同步預留幾張切片用于后續IHC、FISH、PCR測序等方法驗證。

4. NGS測序 技術及流程：

NGS又稱大規模平行測序（MPS），是一次性產生大量數字化基因序列的測序技術，是繼Sanger測序之后的革命性進步。NGS能夠同時對上百萬甚至數十億個DNA分子進行測序，實現了大規模、高通量測序的目標。高通量測序技術不僅可以進行大規?；蚪M序列的測序，還可用于基因表達分析、非編碼小分子RNA的鑒定、DNA甲基化等相關分析。

目前在臨床腫瘤實踐中，NGS主要應用于驅動基因測序，是腫瘤精準診療的重要環節。NGS的優勢包括：一次性通量測序、能夠分析變異豐度、相對成本低。存在的不足之處包括：滿足臨床應用的生物信息分析軟件尚處于發展之中、基因型的判讀依賴于生物信息的準確分析、測序深度在必要時因整體成本高而難以達到等。

就NGS技術本身而言，在臨床腫瘤診斷和監測中的應用應充分關注試劑管理、樣本的QA/QC、檢測環境、人員資質和熟練程度、NGS技術參數標準（包括文庫構建、測序流程、質控等）等環節，以標準操作規范加以約束，以保證特定腫瘤NGS測試（test）能夠穩定準確地發揮作用。

測序技術的各個環節應該做好實驗室規范記錄，最好有結構化的數據庫進行管理，包括平臺環境參數、試劑使用和性能、樣本追蹤、質控數據等管理。通過日常和定期分析質控保證檢測的準確性。
為滿足臨床需求，實驗室需對各個質量控制步驟出現異常、失敗的樣本規定合理的備選方案。比如采用其他分子診斷平臺檢測一部分重要位點，或對陽性位點采用其他平臺確認性檢測，或者重復高通量測序流程等，有條件的檢測單位也可以重新選取標本。

聲明13：NGS檢測需要符合嚴格的檢測環境要求，各類樣本的儲存、核酸抽提處理及NGS分析應在通過審核驗收的臨床基因擴增檢驗實驗室完成。

聲明14：NGS試劑管理和質控：NGS試劑應該獨立存放，防止交叉污染。對于實驗室自配試劑或探針及采購試劑，均需做好每批試劑的性能評價，評價合格后才可用于臨床樣本分析。

聲明15：每個特定的NGS測試項目（test）都需要經過嚴格的技術驗證合格后才可以用于臨床腫瘤檢測。診斷測試項目必須在準確性、分析敏感度、特異度、精確性等方面進行充分評價。如果檢測項目中的試劑或步驟有任何主要變更，則質量參數需要重新評價。在針對檢測項目更新或升級的重新評價中，應該明確測試所需要的樣本類型及例數。強烈建議各實驗室參加NGS相關的室間質量評估項目來評測檢測能力和質量。

聲明16：明確的檢測流程包括樣本QC/QA、樣本預處理、接頭連接、預擴增、基因組合（gene panel）靶區的捕獲、靶區純化、擴增文庫構建、QC定量后上NGS測序 儀檢測等步驟。每個步驟的操作和質量控制都應建立SOP進行指導。如果使用擴增子（amplicon）建庫的方式，同樣需要建立相應的SOP進行質控管理。

聲明17：NGS的技術標準應包括上述樣本預處理至文庫構建、測序、質控的技術標準化，也包括原始數據產生和管理、信息學分析過程的標準化。由此CAGC將在下一階段可行性驗證基礎上形成一套NGS技術標準文件（SOP）。

聲明18：人員配備和熟練程度應滿足實踐需求。應配有專門的質控人員。對于參與NGS實驗流程操作的技術人員進行充分的培訓，達到一定的熟練程度。每個平臺應有技術員專職從事實驗操作。

聲明19：“核心基因清單”與相應的檢測標準品將被用于各個實驗室間的質控比較。根據檢測驅動基因的突變結果描述、目的區域的覆蓋度等建立評分體系。這個評分體系將用于對實驗室間NGS檢測能力的分析與認證。
 

5. NGS數據的產生、管理、信息學分析：

由于NGS數據龐大，數據管理、儲存和分析需要強大的計算平臺支持。數據的質量檢查、信息學分析、輸出格式、儲存等方面都應有標準SOP支持。最好有結構化的數據庫來管理原始數據、質控數據以及分析結果數據等。

聲明20：數據分析工具（軟件）的能力驗證。需要采用適量例數的原始數據針對NGS數據分析工具進行驗證分析。通過采用攜帶不同種類與豐度變異的數據來驗證整個分析流程的準確性與穩定性。特別是在增加檢測基因的內容時需要驗證分析工具的可靠性。分析工具的能力驗證應有詳細的內部軟件驗證記錄。CSCO CAGC項目也將組織開展軟件分析能力驗證。

聲明21：數據產生和管理儲存。檢測實驗室必須采用結構化的數據庫來注釋SNP、Indel、重排（融合）、CNV等各類變異信息。

聲明22：數據儲存應該采用通用的FASTQ、BAM、VCF格式，便于數據交換及實驗室間評價。同時保存完整的log日志文件，便于區別流程版本信息、追溯異常結果來源及分析原始數據向診斷報告生成的可重復性。診斷實驗室應該長期保存相關的數據集（至少15年）。

聲明23：NGS原始數據的質量檢查，應有嚴格的操作規程指導。所有參數需與檢測性能評價過程中的參數進行比較，設置并執行接受與拒絕的標準。參見表1。

表1. 基于原始序列(FASTQ)和比對后序列(BAM)質量的計量參數

變異檢測質量的相關計量參數

聲明24：數據分析的流程包括初步分析、接頭序列去除、引物序列去除、低質量序列去除、參照基因組序列比對（mapping）、去重、Indel重復比對、堿基質量得分校正、突變識別（variant calling）、注釋、過濾后輸出等流程（見下表2）。CAGC POI項目需要在各個瘤種中的每一步都應做到同質性。

表2. 臨床腫瘤NGS測序 的簡單流程步驟描述

聲明25：體細胞與胚系來源的變異應該加以區分。體細胞突變在腫瘤診療中的臨床意義較大。特定的胚系突變的生物學意義需要說明，如乳腺癌中BRCA1/2的突變。

聲明26：應對各個瘤種中與臨床意義相關的變異重點進行關注分析和說明，比如肺癌中的EGFR exons 18-21突變、ALK重排、ROS重排、MET E14拼接變異、HER2插入突變或擴增等突變的說明。

近年來，關于腫瘤細胞分子異質性的研究進展發現，腫瘤中存在不同分子變異亞型的亞克隆。異質性亞克隆的存在會影響腫瘤疾病的整體進化路徑及對靶向治療的應答和耐藥。因此NGS用于腫瘤診斷或耐藥監測時需要達到較深的測序覆蓋度，這樣才能充分解釋腫瘤轉移進化過程中的異質性及其與臨床表型的關系。

聲明27：CAGC建議，臨床腫瘤組織樣本的NGS檢測數據中測序“有效深度”應該達到 500X以上；血漿游離DNA標本的NGS“有效測序深度”應該達到1000X以上。
說明：（1）有效深度定義為去除PCR重復reads（duplicates）之后的深度；（2）應該在80%以上的目標捕獲區域達到這個深度，而非是所有區域的平均，否則在區域間覆蓋波動較大的情況下會有大量區域出現覆蓋不夠的情況。

聲明28：CAGC項目數據的管理應該在標準流程和各類數據管理方面實現同一化。在后續將開展每個瘤種約100例的分析，從而對本次共識的可操作性進行驗證。
 

6. NGS結果報告與咨詢：

NGS是多步驟的復雜的檢測和分析方法，產生報告的內容較多。對臨床而言需要遵循首頁簡明、結果明確、解釋清楚、信息充分的原則。

在開展NGS臨床測試之前，應明確定義所檢測的驅動基因在基因組上的哪些靶區域范圍（target range），并在報告中告知臨床醫生。

NGS報告結果應該簡明清晰。具有臨床靶向意義的檢測結果及其參數應該優先報告，如EGFR L858R突變，突變位點占比（mutant allele fraction, MAF）=15.6%。在報告首頁中應包括患者ID、臨床診斷、測試的簡單描述、技術類型等信息。根據情況，報告可以適當添加附件成多頁。各個瘤種的“核心基因”檢測結果必須明確報告，其他基因根據結果概括性報告，對于特別的突變（如在其他腫瘤中發現是核心變異）可特別進行報告。

對于生物學意義未明或未明確分類的變異（Unclassified variants，UVs）結果應該收集整理，并提倡在同行間交換，為最終確認這些UVs是功能性或非功能性的提供幫助。

對于不同瘤種的NGS數據，可以整合到同一個數據庫進行分析，這將有助于不同瘤種間變異信息在臨床應用中的借鑒。

聲明29：報告格式和內容需要標準化，應能夠適應短期未來的發展趨勢（靶點知識和檢測內容的變更）。請見附件一，臨床腫瘤NGS的報告格式。報告內容應該包括患者ID、疾病信息、樣本信息、分析技術信息、主要結果、結果解釋、操作員和實驗室專家（腫瘤分子生物學或遺傳學專家）簽字等。

聲明30：報告范圍(reportable range)應該根據測試目的以及測序能夠達到質量要求的覆蓋范圍來決定。例如在對外顯子組序列的檢測中，在肺癌中不一定報告所有覆蓋區域中檢出的變異。但需知情臨床醫生本次報告不能排除潛在的“非關注區域”的變異。

聲明31：NGS報告應既簡明扼要、明確易懂，又能充分提供必要信息以供醫生參考用于當前臨床的靶向治療方案決策。

聲明32：結果解釋需客觀中肯，平實地描述腫瘤突變的結果。在疾病相關性方面只描述既往研究中的療效或預測相關性，不應出現建議使用何種治療手段或策略的文字。檢測結果在臨床決策中的應用應由臨床醫生或多學科專家討論決定。

聲明33：遺傳咨詢需多學科支持，臨床決策的制定過程中需要與實驗室癌癥遺傳學、分子生物學、生物信息學、病理學等多方面專家進行必要的信息溝通。

7. 知情同意。

聲明34：NGS檢測項目開展前應該向患者做好知情同意或相關遺傳咨詢（genetic counseling），解釋疾病條件下進行特定NGS檢測分析的目的和利弊。同時需要向醫生及患者告知測試的局限性，包括驅動基因的信息、報告范圍、技術分析的敏感度和特異度等。

知情同意書的內容至少必須包含：

（1）進行基因檢測的依據，其中包括醫學指南、專家共識、治療規范等內容，需使患者知悉檢測的意義和目的；

（2）基因檢測過程中可能有的局限性，如提取樣本量是否足夠，樣本質量控制指標是否適合基因檢測，如發生類似情況，需要及時向患者以及家屬說明情況，再決定下一步；

（3）進行基因測序可輔助個體化治療，但是最終決定須由臨床醫生決定；

（4）基因檢測結果要只針對該次送檢樣本；

（5）檢測機構必須對患者的身份信息、病例信息以及檢測結果等保密?；颊哌M行基因檢測之前需知悉以上事項，并簽署知情同意書。

8. NGS用于研究與診斷的區別：

由于技術的快速發展和應用單位的能力提升，NGS用于研究或是診斷的界限已經模糊，但在實際應用中，應該明確特定的NGS測試是用于研究還是診斷。診斷目的的NGS檢測是為了回答臨床患者腫瘤中是否具有特定的基因變異狀態（可作用靶點的變異）。診斷檢測通常是在一個得到認證的實驗室開展。而研究目的的NGS檢測是研究假設驅動的檢測，檢測結果對入組患者通常只具有有限或不確定的臨床意義。全外顯子或基因組測序的診斷結果由于數據量大，除了滿足特定的基因診斷，其他數據也可能產生新的研究假設。

聲明35：研究項目獲得有臨床意義的分子變異結果需要進一步在診斷條件下確證后才可以納入患者的醫療記錄。

聲明36：研究和診斷的檢測結果都應該建立數據庫管理，以便于與本地、區域性的、國家或國際的數據庫進行比對分析，這有助于對變異進行臨床分類。

9. CAGC POI項目NGS測試（Test）的監督管理

對于應用于CAGC POI臨床實踐、試驗或研究的NGS檢測項目，為保證質量的同一性和延續性，將由CSCO CAGC專家組對所測試的NGS項目進行監督管理，管理方式包括現場考察、管理文件和流程監督、測試樣本的室間評比等。目的是使得參與CAGC POI項目的各個NGS實驗室能夠達到統一的質量標準。
 

參考文獻：

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[13] NCCN臨床實踐指南：結直腸癌（2016.V1）

[14] NCCN臨床實踐指南：乳腺癌（2016.V1）

[15] NCCN臨床實踐指南：肝癌（2016.V1）

[16] NCCN臨床實踐指南：胃癌（2016.V1）

[17] NCCN臨床實踐指南：白血?。?016.V1）

附件：

[1] NGS檢測報告格式化模板

[2] 基因名稱及基因突變的標準術語（NGS技術相關的標準術語、NGS數據生物信息學所涉及的標準術語。中英文對照）

[3] 臨床腫瘤NGS診斷項目（test）的技術要求和質控

[4] CAGC 2015年度啟動會議紀要